Kỳ giông khổng lồ Nhật Bản lần đầu tiên được những người châu Âu lập danh lục khi bác sĩ nội trú trên đảo Dejima ở Nagasaki là Philipp Franz von Siebold bắt được một cá thể và vận chuyển nó về Leiden, Hà Lan, vào thập niên 1820. Loài này được chọn là loài vật biểu tượng quốc gia đặc biệt vào năm 1951 và đã được bảo vệ.[4] Nó là một loài sống sót từ Thượng kỷ Jura, cách đây khoảng 140 triệu năm.